HLA-Resolve: High-Resolution HLA Haplotyping Using Long-Read Hybrid Capture
该研究提出了一种结合长读长杂交捕获技术与新型分析软件 HLA-Resolve 的工作流，通过自动化文库制备和 PacBio/Nanopore 测序，实现了低成本、高准确度的全 HLA 区域高分辨率单倍型定相，并验证了其在临床及疾病研究中的适用性。
📄 Category
genetic and genomic medicine
189 篇论文
Genetic influence of BCAA metabolism on type 2 diabetes and coronary artery disease, independent of traditional risk factors
该研究通过跨人群基因组结构方程建模，首次证实支链氨基酸代谢对2型糖尿病和冠心病的影响独立于肥胖及血脂等传统风险因素，揭示了其作为潜在治疗靶点的临床价值。
Population-specific polygenic risk for Alzheimer's disease is associated with Mini-Mental State Examination-based cognitive decline in a Japanese cohort
该研究在日本社区老年人群中发现，基于日本人群全基因组关联分析构建的阿尔茨海默病多基因风险评分与简易精神状态检查（MMSE）评估的认知下降关联最强，而基于欧洲人群的评分关联较弱，表明人群特异性多基因风险评分在利用简易临床指标分层认知障碍方面具有重要价值。
Genetic and epigenetic regulation of SLC6A4 shapes vulnerability to cognitive decline and depressive tendency in later life
该研究通过对日本社区老年人及多个独立队列的分析发现，血清素转运体基因（SLC6A4）启动子活性的遗传差异及其随年龄增长的表观遗传调控，特异性地决定了老年人在认知衰退和抑郁倾向上的易感性或韧性，且这种影响具有显著的年龄特异性。
faers: A High-Fidelity Framework and R/Bioconductor Package for Precision Adverse Event Surveillance
本文介绍了"faers"这一开源 R/Bioconductor 软件包，它通过提供标准化的数据清洗、去重、术语映射及多种信号检测算法，构建了一个高效、可重现且可扩展的框架，旨在解决 FDA 不良事件报告系统（FAERS）数据异质性问题并提升药物警戒的精准度。
Bone2Gene: Next-generation Phenotyping of Rare Bone Diseases
该研究提出了名为 Bone2Gene 的下一代表型分析工具，通过深度学习模型对手部 X 光片进行分析，实现了对罕见骨病的有效检测与鉴别诊断，显著提升了诊断效率与准确性。
Diagnostic Accuracy of Large Language Models for Rare Diseases: A Systematic Review and Meta-Analysis
本系统评价与荟萃分析显示，尽管引入外部知识的大语言模型在罕见病诊断中表现优于独立模型，但现有研究普遍存在高偏倚风险且缺乏前瞻性临床验证，表明在临床部署前亟需建立基于患病率分层的评估基准并开展独立的前瞻性研究。
Incorporating phenotype heterogeneity in disease GWAS improves power while maintaining specificity
该研究提出了一种名为 StratGWAS 的可扩展框架，通过利用年龄、用药负担等临床特征对病例进行分层并构建加权表型，有效解决了疾病异质性导致的遗传信号稀释问题，在保持特异性的同时显著提升了全基因组关联分析（GWAS）的统计功效并发现了更多致病位点。
Leveraging human genetic variation to therapeutically target hundreds of genes with dominant & dispensable disease alleles
该研究通过利用人类常见遗传变异开发等位基因特异性靶向策略，提出了一种可治疗数百种显性且非必需（D&D）疾病等位基因的新型疗法，显著扩大了单一基因疗法可覆盖的患者范围，并提供了支持多种 CRISPR 编辑技术的基因组图谱。
Disentangling the Shared and Differential Genetic Architecture Between COVID-19 and Other Respiratory Disorders: A Multi-Omics Genome-Wide Analysis
这项研究通过多组学全基因组分析，系统解构了 COVID-19 与其他呼吸道疾病之间共享及差异的遗传架构，揭示了干扰素信号通路、肺泡上皮功能及表面活性物质代谢等关键分子机制，为 COVID-19 的靶向药物重定位和精准风险分层提供了遗传学依据。
A scalable and equitable framework for target and patient prioritisation in rare disease antisense therapeutics
本文介绍了英国核酸疗法平台（UPNAT）推出的首个疾病无关框架，旨在通过模块化评估系统，在英国国家医疗服务体系（NHS）内实现针对反义寡核苷酸疗法的目标与患者优先级的透明、公平且可重复的排序。
Lung adenocarcinoma WHO histological classes contain distinct immune cell profiles
该研究通过对 89 例肺腺癌病例的分析，发现 WHO 组织学亚型与突变特征相关性较弱，但各自具有独特的免疫细胞和转录组特征，其中高危实性亚型富集了提示免疫治疗响应的 T 细胞，而独立于组织学分类的 31 个生存相关基因则主要富集于巨噬细胞和成纤维细胞网络，表明结合组织学分型与生存标志物分析有望优化肺腺癌的临床试验策略。
Rare coding and noncoding variants map 1,342 diseases and biomarkers in 490,549 whole genomes
该研究利用 STAARpipelinePheWAS 框架分析了近 50 万人的全基因组测序数据，绘制了涵盖 1,342 种表型的罕见编码及非编码变异关联图谱，发现了 49,121 个显著基因 - 性状对，并建立了公开交互门户以推动罕见变异的发现与转化应用。
Genotype-Based Severity Scoring System in Wolfram Syndrome
该研究通过评估基于 WFS1 基因变异类型及其在跨膜结构域位置的严重程度评分系统，证实了该评分能有效预测沃尔夫拉姆综合征患者糖尿病和视神经萎缩的发病时间，从而为临床预后判断和护理提供了重要依据。
Compounding of rare pathogenic copy-number variants and polygenic background is consistent with assortative mating.
该研究利用英国生物样本库数据发现，多基因评分与罕见致病拷贝数变异之间存在显著的正相关，这种关联主要由普遍的选型交配机制驱动，表明多基因背景会加剧罕见变异的表型表达并增加共病风险。
Spatio-Temporal Landscape of Whole-Genome DNA Methylation Patterns in Ovarian Cancer
该研究基于 DECIDER 试验的 404 个全基因组样本，构建了卵巢癌甲基化图谱资源，揭示了肿瘤特异性甲基化模式在疾病早期建立且化疗期间保持稳定，并发现治疗抵抗与广泛的启动子高甲基化相关，同时证实了血浆 DNA 中检测这些表观遗传标志物用于液体活检监测的可行性。
Challenges and perspectives in implementing whole-exome sequencing in Algeria lessons from a fully autonomous in-country cohort
本研究通过在阿尔及利亚建立完全自主的体内全外显子组测序流程，在 14 名神经发育障碍患者中确立了 8 例确诊，同时揭示了因非洲人群基因组数据缺失导致的变异解读局限，强调了构建本土参考数据集及多学科协作体系对于在资源有限地区可持续实施基因组医学的重要性。
Cross-omic dissection reveals locus-specific heterogeneity and antagonistic pleiotropy between Alzheimer's disease and type 2 diabetes
该研究通过整合多组学分析揭示，阿尔茨海默病与2型糖尿病之间的关联并非简单的共享风险模型，而是表现为位点特异性异质性及在多数基因和调控层面上对两种疾病风险产生相反作用的拮抗多效性。
CanVar-UK: an online data platform supporting collaborative diagnostic interpretation of germline variants in cancer susceptibility genes
本文介绍了 CanVar-UK，这是一个专为癌症易感基因种系变异解读设计的免费在线平台，它整合了来自 115 个基因的 170 多万种变异数据、多种预测工具评分、临床队列及功能研究结果，并通过诊断讨论论坛促进全球用户间的协作与数据共享。
Biological age acceleration measured by DunedinPACE associates most consistently with cognitive decline in elderly individuals
这项基于柏林老龄化研究 II（BASE-II）数据的研究发现，在多种表观遗传时钟中，第三代时钟 DunedinPACE 与老年人认知衰退的关联最为一致和显著，而第一代、第二代及第四代时钟则未显示出同样稳定的相关性。